Segunda mitad del siglo XVII. Dos jóvenes jesuitas portugueses viajan a Japón en busca de su mentor, el conocido misionero Padre Ferreira. Los últimos rumores indican que, tras ser perseguido y torturado, Ferreira ha renunciado a su fe, algo difícil de creer para los sacerdotes que parten en su búsqueda. En Japón ellos mismos vivirán el suplicio y la violencia que los japoneses ejercen sobre los cristianos.
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