Los antecedentes del Herbario se remontan a la fundación de la Escuela de Montes en 1855, aunque no ha llegado hasta nuestros días ninguno de los pliegos de la colección que fueron recopilando desde entonces Laguna, Boutelou y Torrepando: en noviembre de 1936 un incendio destruyó completamente la colección.
Terminada la guerra civil, Luis Ceballos fue nombrado profesor de Botánica y Geografía Botánica de la Escuela Especial de Ingenieros de Montes en 1940. Con ello empezó a formarse la colección principal del herbario actual, pues Ceballos trajo a la Escuela la mayor parte del material recopilado en el IFIE desde 1927, en colaboración con Martín Bolaños y Carlos Vicioso, para la elaboración del Mapa Forestal de España.
Desde entonces, la colección ha crecido de manera más o menos continua, siendo de destacar las aportaciones procedentes de la participación en varias exsiccatas (como la Exsiccata del Instituto Botánico de Barcelona de Pío Font Quer, o las de la Sociedad Cenomana d’Exsiccata), y de la realización para el IFIE, en 1951, de los “Estudios sobre la vegetación y la flora forestal de las Canarias Occidentales”, en colaboración con D. Francisco Ortuño.
Entre finales de los años 80 y principios de los 90 del siglo XX, adquirió reconocimiento internacional y se integró en las redes de su ámbito. En 1987 se incorporó al Index Herbariorum con el acrónimo EMMA (Escuela Montes MAdrid). En 1992 se creó en Madrid un grupo de trabajo formado por los principales herbarios del ámbito ibero-macaronésico, liderado, entre otros, por el Real Jardín Botánico de Madrid. Este grupo elaboró los estatutos de la Asociación de Herbarios Ibero-Macaronésicos (AHIM), aprobados formalmente el 4 de enero de 1994. La primera Asamblea General de la Asociación se celebró el 15 de abril de 1994 en el Real Jardín Botánico de Madrid, participando ya el herbario EMMA como socio fundacional.
La AHIM se constituyó como una entidad sin ánimo de lucro que reúne a las colecciones botánicas (herbarios) de universidades, centros de investigación, profesionales y particulares de España y Portugal. A través de ella, el herbario EMMA ha realizado labores de préstamo e intercambio con otras entidades análogas con fines de investigación y participa en proyectos colectivos. El más destacado es el proyecto de Flora Ibérica, obra de referencia para las plantas vasculares de la Península Ibérica e Islas Baleares, que cuenta con la colaboración activa de los herbarios de la AHIM y se encuentra todavía en desarrollo.
En 2004 se inició la informatización del herbario EMMA, con la intención de que la mayor parte de la información que contiene fuera accesible a través de Internet, integrándose también en la Infraestructura Mundial de Información sobre Biodiversidad (GBIF). El proceso de digitalización de etiquetas a través de las aplicaciones (HERBAR, ELYSIA) contó con el apoyo de AHIM y GBIF y fue parcialmente financiado por el Plan Nacional de I+D+1 2004-2007 en los años 2005 y 2006. Gracias a ello, actualmente hay numerosos registros de acceso libre y gratuito procedentes del herbario EMMA disponibles en el portal de datos de GBIF.ES.
Este tipo de colaboraciones sigue en activo. Como hito más reciente se puede señalar la digitalización de pliegos tipo que se llevó a cabo en 2012 en el marco del proyecto “Adecuación del herbario SANT para digitalización y accesibilidad a datos de ejemplares de otros herbarios a través de GPI”, en colaboración con otros herbarios de AHIM.
