Las prácticas externas son un instrumento formativo al que no se debe renunciar en estudios avanzados de ingeniería. Por ello el Máster de Agroingeniería incluye como obligatorias las prácticas externas, que pueden realizarse en un centro externo a la universidad, que puede ser un centro de investigación o una empresa del sector. La Escuela Técnica Superior de Ingeniería  Agronómica, Alimentaria y de Biosistemas de Madrid, centro responsable del Máster, tiene firmados convenios de cooperación educativa con una serie de empresas e instituciones para la realización de prácticas por parte de los alumnos.

Los alumnos que cursen el Máster en la modalidad semipresencial tendrán que realizar una estancia en el Centro durante tres meses del segundo semestre. Durante esta estancia podrán realizar sus prácticas externas, los seminarios y examinarse (si coinciden con los últimos meses del Máster), tanto de prácticas externas como de su trabajo fin de Máster. Los alumnos cuya estancia no sea los tres últimos meses de Máster, también deberán realizar su examen de prácticas externas y trabajo fin de Máster de forma presencial o mediante video conferencia.

Para la realización de prácticas externas existe un protocolo del centro  que establece plazos, duración, convenios que hay que firmar, seguros, etc. yque son los que se siguen en el Máster.