El software desarrollado por los miembros del grupo de investigación está disponible en los siguientes enlaces de GitHub:
ModelBark
ModelBark es una aplicación de software para simular el crecimiento de la corteza exterior de especies de plantas leñosas utilizando un modelo matemático simple basado en la idea de autómatas celulares (Wolfram, 1983). La aplicación simula la evolución de los componentes celulares de un radio de tallo secundario tomando en consideración la posición de las células de cada tipo (xilema, cambium vascular, floema activo e inactivo, felógeno, felodermis y felema) y los estímulos mecánicos producidos por el crecimiento secundario. ModelBark permite contrastar hipótesis relacionadas con el desarrollo de la corteza mediado por estímulos mecánicos en especies de plantas leñosas y es capaz de producir diferentes tipos de corteza (gruesa, delgada o con forma de ritidoma) mediante el uso de diferentes combinaciones de parámetros. Una descripción más detallada del modelo matemático y un estudio de caso que ejemplifica las capacidades de ModelBark están disponibles en: Gutiérrez Climent Á, Nuño JC, López de Heredia U, Soto Á. MODELBARK: un modelo de juguete para estudiar la formación de corteza en especies leñosas. Plantas in silico (Enviado)
gtImputation
gtImputation (Genotype Imputation) es una aplicación diseñada para imputar los genotipos de los datos faltantes en un archivo VCF o en formato tabular mediante un procedimiento de aprendizaje automático basado en mapas auto-organizativos (SOM). Además, la aplicación también está diseñada para realizar un método de imputación naive. Una descripción más detallada del modelo matemático se puede consultar en la publicación: Mora‐Márquez, F., Nuño J. C., Soto Á., & López de Heredia, U. (2024). Missing genotype imputation in non-model species using self-organizing maps. Molecular Ecology Resources 00:e13992 DOI: https://doi.org/10.22541/au.168596316.62218099/v1
SimHyb2
SIMHYB 2 es un software basado en Java para la simulación de poblaciones mixtas que se hibridan. El programa está destinado al análisis del efecto de los diferentes factores demográficos, adaptativos y reproductivos en la evolución de estas poblaciones. El usuario puede definir el tamaño del censo de cada especie, los inmigrantes, el número de clases intermedias específicas, la fertilidad direccional entre ellas y el coeficiente de fitness de cada clase. También se tienen en cuenta la herencia del fitness y el efecto del envejecimiento. El software genera individuos de pedigrí conocido, permitiendo su trazabilidad a lo largo de generaciones. Los archivos de salida de SIMHYB 2 se pueden convertir fácilmente en entradas para GENALEX (Peakall & Smouse, 2012) o STRUCTURE (Pritchard et al., 2000), algunos de los software más populares para genética de poblaciones y análisis bayesiano. Inicialmente, SIMHYB 2 estaba destinado a plantas hermafroditas longevas, como los árboles (por lo que considera características como la presencia de cloroplasto, el solapamiento de generaciones o la posibilidad de procesos de autoincompatibilidad), pero también se puede aplicar a otros organismos. teniendo en cuenta ciertas consideraciones.
TOA
TOA tiene como objetivo establecer flujos de trabajo orientados a especies de plantas que automaticen la extracción de información de bases de datos genómicas y la anotación de secuencias. TOA utiliza las siguientes bases de datos: Dicots PLAZA 4.0, Monocots PLAZA 4.0, Gymno PLAZA 1.0, NCBI RefSeq Plant y NCBI Nucleotide Database (NT) y NCBI Non-Redundant Protein Sequence Database (NR). Aunque TOA fue diseñado principalmente para trabajar con especies de plantas leñosas, también puede usarse en el análisis de experimentos con cualquier tipo de organismo vegetal. Además, para completar la información también se utilizan las bases de datos NCBI Gene, InterPro y Gene Ontology. TOA tiene una interfaz fácil de usar donde los investigadores pueden realizar las siguientes tareas simplemente con unos pocos clics: i) descargar datos bioquímicos y biológicos de bases de datos genómicas; ii) diseñar el proceso de anotaciones que implemente el flujo de trabajo más apropiado para el experimento que están analizando; iii) ver estadísticas y gráficos de resultados; y iv) rastrear el estado de los procesos durante la ejecución. Una descripción más detallada del programa se puede consultar en la publicación: Mora‐Márquez, F., Chano, V., Vázquez‐Poletti, J. L., & López de Heredia, U. (2021). TOA: A software package for automated functional annotation in non‐model plant species. Molecular Ecology Resources, 21(2), 621–636. DOI: 10.1111/1755-0998.13285
NGScloud2
NGScloud2, una versión mayor de NGScloud, es un sistema bioinformático desarrollado para analizar datos de experimentos NGS utilizando los servicios de computación en la nube de Amazon – Elastic Compute Cloud (EC2) – que permite el acceso a infraestructura informática ad hoc escalada según la complejidad de cada experimento, para así optimizar sus costos y tiempos. La aplicación proporciona una interfaz fácil de usar para operar fácilmente los recursos de hardware de Amazon y controlar los flujos de trabajo de análisis bioinformático de RNA-seq de novo, RNA-seq basado en referencias y anotaciones funcionales orientadas específicamente a especies de plantas. Este último flujo de trabajo encapsula nuestra aplicación independiente TOA para que pueda ejecutarse en EC2. NGScloud2 también cuenta con mejoras técnicas como el uso de instancias spot (que pueden suponer importantes ahorros de costes) o los últimos tipos de instancias (M5, C5 y R5). Una descripción más detallada del programa se puede consultar en las publicaciones: Mora-Márquez F, Vázquez-Poletti JL, López de Heredia U (2021). NGScloud2: optimized bioinformatic analysis using Amazon Web Services. PeerJ 9:e11237. DOI: https://doi.org/10.7717/peerj.11237; Mora-Márquez F, Vázquez-Poletti JL, López de Heredia U (2018) RNA-seq analysis of non-model species using cloud computing. Bioinformatics. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty363
ddRADseqTools
ddRADseqTools es un conjunto de aplicaciones útiles para el diseño in silico y las pruebas de experimentos RADseq de doble digestión (ddRADseq). Una descripción más detallada del programa se puede consultar en la publicación: Mora-Márquez F, García-Olivares V, Emerson BC, López de Heredia U (2017) ddRADseqTools: a software package for in silico simulation and testing of double-digest RADseq experiments. Molecular Ecology Resources, 17, 230–246. DOI: https://doi.org/10.1111/1755-0998.12550
RADdesigner
RADdesigner es un flujo de trabajo que combina la secuenciación piloto de muestras replicadas con un proceso bioinformático para seleccionar la metodología más adecuada mediante la cuantificación de errores de genotipado, optimizar los parámetros de detección de polimorfismos y realizar un filtrado posterior de los resultados producidos por el sistema bioinformático RADseq comúnmente utilizado, IpyRAD. Una descripción más detallada del programa se puede consultar en la publicación: Guillardín-Calvo, L., Mora-Márquez, F., Soto, Á. et al. RADDESIGNER: a workflow to select the optimal sequencing methodology in genotyping experiments on woody plant species. Tree Genetics & Genomes 15, 64 (2019). DOI: 10.1007/s11295-019-1372-3
DeGoldS
DEGoldS (Differential Expression analysis pipelines benchmarking workflow based on Gold Standard construction) es un flujo de trabajo para probar canalizaciones para análisis de expresión diferencial que puede adaptarse a una amplia gama de situaciones. DEGoldS se implementa como scripts Bash y R secuenciales que pueden ejecutarse en cualquier sistema operativo que admita UNIX. Una descripción más detallada del programa se puede consultar en la publicación: Hurtado M, Mora-Márquez F, Soto Á, Marino D, Goicoechea PG, López de Heredia U (2023). DEGoldS: A Workflow to Assess the Accuracy of Differential Expression Analysis Pipelines through Gold-standard Construction. Current Bioinformatics 18(4):296-309.DOI: 10.2174/1574893618666230222122054
