Esta versión está disponible para PC’s Windows y permite, además de los modos de juego anteriores, conectarla a un entorno de programación y realizar construcciones de forma automática. Su gran interés para el mundo educativo es la utilidad en la didáctica de la programación e incentivar motivación de los alumnos y alumnas.
Minecraft Education también permite crear aulas virtuales (Classroom mode) en la que una clase puede realizar su código donde el profesor o profesora puede establecer restricciones y controles.
Cabe destacar que mucho contenido de Minecraft está disponible solamente en inglés, por lo que puede ser de gran utilidad en institutos bilingües.
Precios: está disponible por unos 5€ (5$) por usuario y por año. También existen licencias en paquetes que se contratan por distribuidores locales. La prueba gratuita no tiene limitaciones de funcionamiento, aunque sí está limitado el número de inicios de sesión: 25 para cuentas de profesores y 10 para cuenta de estudiantes. Las cuentas están vinculadas a un correo electrónico que debe ser de alguna organización educativa. Existe una versión de Minecraft para plataformas móviles (iOS y Android), el coste es de unos 6€, pero no permite programar.